В госпитале была оказана квалифицированная и специализированная медицинская помощь в полном объёме. Сразу же после госпитализации моряков психофизиологами Военно-Медицинской Академии им. С.М. Кирова было проведено обследование экипажа, проведена психологическая коррекция и выработаны рекомендации командованию по дальнейшему использованию подводников в их профессиональной деятельности.
Весь экипаж был награждён орденом «Красного Знамени». После обследования и лечения подводники и члены их семей в мае-июне 1989 г. отдыхали и проходили санаторно-курортное лечение в санатории «Дивноморское», а затем были направлены в очередной отпуск. После возвращения из отпуска весь второй экипаж подводной лодки «Комсомолец» прошёл стационарное медицинское обследование и освидетельствование в Главном госпитале Северного Флота. У двенадцати подводников заболеваний не было выявлено, остальным поставлены различные диагнозы, но не связанные с аварийной ситуацией. Двое были признаны негодными к службе в плавсоставе ВМФ по заболеваниям, так же не связанным с аварией подводной лодки.
С ноября 1989 г. по май 1990 г. девятнадцать членов экипажа перемещены по службе. Через год после аварии на подводных лодках продолжали службу 6 моряков из числа спасшихся после гибели атомной подводной лодки «Комсомолец».
